1095 wird der Ort erstmals genannt

Die Grafen von Zollern hatten in Wilflingen die Vogtei inne. Da Wilflingen eine Exklave der hohenzollerischen Herrschaft darstellte, wurde immer wieder versucht, den Ort zu verkaufen - was aber nie gelang

1806 wurde Württemberg Rechtsnachfolger der Zollern, doch der Ort fiel nach Rechtsstreitigkeiten 1821 wieder den Zollern zu, wo der Ort bis zur Gründung des Landes Württemberg-Hohenzollern auch blieb

1974 schlossen sich Wellendingen und Wilflingen zusammen